Estou no Debian com o Gnome 3.14.1. Para o meu layout de teclado personalizado, consegui que o Gnome o reconhecesse adicionando os detalhes em /usr/share/X11/xkb/rules/evdev.xml.
O layout "fr" já está nesse arquivo no meu sistema, mas a variante "bepo_prog" não está. Se o seu é o mesmo, provavelmente a melhor maneira de pesquisar através do evdev.xml pela string "bepo" e duplicá-la é a seção variante, então você provavelmente adicionaria algo assim ao arquivo:
<variant>
<configItem>
<name>bepo_prog</name>
<description>French (Bepo, ergonomic, Prog)</description>
</configItem>
</variant>
Se isso não funcionar no Fedora, você pode tentar seguir o mais detalhado guia no site X.org .