Sim. Separe os discos ou uma partição no mesmo disco, se os dados de /home estiverem armazenados em alguma outra forma de partição de / , então é principalmente uma questão de substituir o SO e montar a partição /home .
Existem alguns qualificadores menores. Se as versões do programa são significativamente diferentes, então você pode querer remover o diretório de configuração do programa (salvar uma cópia para referência, talvez) e iniciar o programa sem configurações, já que as diferenças na versão de configuração podem ser incompatíveis.
A única outra armadilha potencial é o suporte ao sistema de arquivos. A maioria dos kernels provavelmente tem suporte para montar a maioria dos sistemas de arquivos nativos do Linux, mas as ferramentas do sistema de arquivos podem não ser instaladas por padrão durante a fase de instalação inicial. Então, você pode ter que instalá-los após a primeira inicialização na nova distro. Essa primeira inicialização após a instalação pode parecer travar, tentando fazer um fsck da partição, e você pode ter que optar por ignorar a verificação do sistema de arquivos e, em seguida, instalar as ferramentas do sistema de arquivos para obter fsck para esse tipo de sistema de arquivos. Isso geralmente é uma correção fácil se for um problema inicialmente.