Sua chamada não executa o putty.exe diretamente! Em vez disso, ele executa o cmd.exe com a opção / c. Se o curso -new_console irá executar cmd.exe em nova aba. E então putty não será anexado como ChildGui na guia ConEmu porque não houve tal pedido!
Você precisa forçar seu nó a executar o comando adequado. E essa não é uma questão relacionada ao ConEmu.
Como alternativa, você pode fazer a seguinte chamada
exec('ConEmu /reuse /cmd putty')