Você pode usar um comando de 1 linha se estiver executando o Linux (YMMV no OS X):
find /path/to/your/backups/ -type d -mtime +1 -exec rm -r "{}" \;
Observe que isso pressupõe que seus diretórios não sejam modificados após a criação.
Você pode omitir a parte -exec rm -r "{}" \;
se desejar apenas nomes de diretório para testar o comando.