Resposta curta, uma transmissão L2 é usada apenas para operações L2 e, frequentemente, não transporta dados de protocolo L3 ou superior. As transmissões L3 transportam dados que são pertinentes para os protocolos L3 ou superiores.
Como você diz, as transmissões de L2 não podem cruzar roteadores, mas não é para isso que servem. As transmissões L2 são usadas para tarefas pertinentes apenas a operações L2, como DHCP, ARP, STP (e outros esquemas de controle de topologia automáticos), etc. Em suma, uma transmissão L2 é usada apenas pelos protocolos da camada 2. Nenhum desses protocolos deve cruzar roteadores para realizar seu trabalho.
Uma transmissão L3 é proveniente de uma função L3 ou protocolo de aplicação de camada superior e não retransmite nenhuma implementação específica de L2. Não importa se você usa endereços MAC ou algum outro identificador, ou qual topologia deve ser cruzada.
Pense sobre isso: o que aconteceria se você tivesse uma LAN com alguns clientes em uma rede IP e alguns usando IPX / SPX (ou NCP, ou decnet ou SNA)? se você enviar uma transmissão IP para a LAN e o quadro L2 for transmitido, os hosts IPX / SPX receberão o quadro também, o que não é desejável. Se a transmissão IP usar quadros unicast, somente os clientes IP receberão a transmissão.
Então, para resumir, os broadcasts L2 e L3 não são diretamente relacionados entre si, e geralmente não são usados juntos. Eles suportam diferentes tipos de protocolos projetados para diferentes tarefas.