O CMD suporta a tecla backspace, e funciona como você descreve quando você está digitando um comando antes de executá-lo.
Uma vez que você tenha iniciado o comando (php.exe neste caso) então STDIN é anexado para esse programa (não CMD) e, portanto, cabe a esse programa se implementa ou permite backspacing ou não.
Para o programa, a tecla backspace é apenas outro caractere que precisa ser processado (por exemplo, ASCII # 8 ).