Parece que suas sessões (armazenamento temporário de variáveis quando os usuários navegam entre as páginas) não estão sendo limpas. Dê uma olhada no link para soluções - em resumo BACK UP YOUR SYSTEM (comandos rm são sempre um bit perigoso) e configurar um cron job para executar todas as noites:
find /var/lib/php/session -type f -atime +7 -exec rm {} \;
Isso encontrará todos os arquivos de sessão com mais de 7 dias e os excluirá. (Você pode querer executar este comando manualmente para limpar as coisas inicialmente para você)