AFAIK que não é possível com lotes "puros" - você precisaria usar uma ferramenta de terceiros ou usar o powershell [ou alguma outra maneira de fazer referência à API do Win].
Se eu entendi corretamente e a janela que você quer fechar é uma espécie de painel de controle que redefine a mensagem Window close do que deveria funcionar (como executado a partir do cmd e assumindo que existe apenas uma instância do processo):
powershell (ps MySystemManager).CloseMainWindow()
Este comando age como se você tivesse clicado no botão 'fechar' ( X )
Eu testei com o painel de controle do xampp ( powershell (ps xampp-control).CloseMainWindow()
), sua milhagem pode variar