A perda de dados é possível a qualquer momento em que você particiona uma unidade, pois é um ato perigoso, no qual pequenos erros podem gerar grandes problemas. É por isso que a maioria dos programas de particionamento (se não todos) avisa que pode haver perda de dados.
Isto é principalmente porque uma grande parte do reparticionamento está reescrevendo o índice de onde todos os arquivos estão localizados na unidade, o que eles são nomeados, etc. Se este índice for corrompido (no mínimo), então o SO não ser capaz de encontrar mais pastas e arquivos na unidade.
Também costuma levar um tempo longo para pré-formatar operações únicas, como mover os dados, durante as alterações de partição. Isso aumenta muito as chances de algo dar errado enquanto está acontecendo.
Faça um backup da unidade (ou pelo menos os dados) antes de fazer qualquer reparticionamento, é a única maneira de estar seguro.
Depois de fazer o backup, pegue um LiveCD com GPartEd (ou outra solução de particionamento de sua escolha) e divida até o conteúdo do seu coração. :)