Como /usr/share/skype se foi, e esta é uma pasta do sistema criada pela instalação do Skype, que sugere que a reinstalação do Skype funcione. (Observe que isso provavelmente funcionará, mesmo que a redefinição das configurações do Skype específicas do usuário não tenha sido feita, pois a redefinição das configurações pessoais do Skype não afeta nada em /usr .)
Supondo que você instalou o Skype do repositório de parceiros (por exemplo, no Centro de Software), execute esses comandos em um Terminal ( Ctrl + Alt + T ) irá reinstalá-lo:
sudo apt-get update
sudo apt-get --purge --reinstall install skype skype-bin
[Eu editei isso para incluir a limpeza e reinstalação do pacote skype-bin support também, o que pode ser necessário, como descrito em excelente resposta do minerz029 .]
Assumindo que tudo esteja errado, a pasta /usr/share/skype ausente, uma forma mais fraca de reinstalar (que não limpa arquivos de configuração do sistema) pode ser obtida deixando de fora o sinalizador --purge ou indo até o Centro de Software, removendo o Skype e instalando-o novamente.
Se você instalou o Skype de alguma outra forma, deverá nos informar como; dependendo de como você o instalou, pode ou não ser esperado que exista uma pasta /usr/share/skype , e a inacessibilidade desses arquivos pode ser um .