sudo -i
Isso funcionou!
Se você está confiante de que o usuário atual tem os privilégios apropriados para o sudo, o seguinte comando irá alterar as preferências do usuário root do usuário atual
sudo -i gsettings set org.gnome.gedit.preferences.editor create-backup-copy false
No entanto, em vez de desabilitar os arquivos de backup, você pode mudá-los para outra pasta. Rmano forneceu o seguinte script:
mkdir ~ / TILDEBACKUPS
#!/bin/bash
find $HOME/* -name TILDEBACKUPS -prune -or -name "*~" -print -exec mv {} $HOME/TILDEBACKUPS/ \;
Além disso, conforme apontado por Rinzwind, os ajustes de script podem exigir muita manutenção à medida que os nomes dos esquemas mudam.
Finalmente, houve um erro maior aqui que me levou a fazer essa pergunta. Graças a Radu Rădeanu, abrir o arquivo com "sudo gedit filename" causará todos os tipos de problemas discutidos em Por que o usuário nunca deve usar o sudo normal para iniciar a aplicação gráfica
A melhor maneira de abrir o nome do arquivo no gedit é:
gksudo gedit filename
Obrigado pela ajuda de todos