Eu finalmente percebi isso. Eu personalizei a sintaxe com um one-liner no meu .vimrc que se parece com isso:
" Add custom equation delimiters to syntax highlighting.
au FileType tex syn region texMathZoneZ matchgroup=texStatement start="\eqn{" start="\eqns{" start="\eqna{" start="\eqnas{" matchgroup=texStatement end="}" end="%stopzone\>" contains=@texMathZoneGroup
Funciona como um encanto!