Existem atualmente duas versões do Java (vendors, se você quiser) disponíveis:
- JDK da Oracle (anteriormente Sun), o Java de código fechado, com suporte comercial a partir de materiais da Oracle.
- OpenJDK, o Java de código aberto. A Oracle liberou parte de sua origem e a renomeou.
Nos dias de Java 6, costumava haver uma grande diferença entre os dois, o OpenJDK rodando mais devagar e suportando menos. No entanto, atualmente, com exceção do java-web-plugin (que foi reescrito pela comunidade e denominado icedtea-web), eles são exatamente os mesmos. Nenhuma das duas versões está "errada".
Ainda há pessoas afirmando que o OpenJDK é pior do que o JDK da Oracle, mas se tornou um mito.
Eu recomendo manter o OpenJDK for Java 7, por causa do código-fonte aberto do FTW, e porque ele é suportado nos repositórios oficiais do Ubuntu (o Oracle não permite que outros redistribuam seu JDK).