Pelo menos para jogos antigos de motor SDL, parece que posso forçar o jogo a usar o monitor principal usando a variável de ambiente SDL_VIDEO_FULLSCREEN_HEAD, por exemplo:
SDL_VIDEO_FULLSCREEN_HEAD=0 /usr/games/darkplaces -basedir /opt/games/quake
Isso funciona para a maioria dos jogos (exceções notáveis sendo Doom 3 / Quake 4). Eu tive sucesso limitado usando um script wrapper para alternar para um único monitor para o Quake4, mas essa abordagem ainda não está funcionando para o Doom3.
Mas, pelo menos, é eficaz para jogos baseados em SDL.