Na aplicação BitTorrent Mac, esta é uma opção para desconectar as pastas da sincronização na rede, passe o mouse sobre a pasta que você deseja remover e, bem à direita, há um ícone .... Clique nele e há uma opção que diz Desconectar. Aqui está uma imagem:
Mas, para excluir / remover arquivos individuais, você só poderá excluí-los da pasta e as alterações serão sincronizadas na rede.