Você pode ter vários pontos de acesso compartilhando o mesmo SSID (e as mesmas credenciais) e os clientes inteligentes selecionarão automaticamente o que tiver o sinal mais strong e farão o roaming sem problemas de um para o outro. Veja a questão do Superusuário: Como posso obter o mesmo SSID para múltiplos pontos de acesso? para mais detalhes.
Se você conectou o Airport Time Capsule ao roteador WLAN, poderá acessá-lo quando estiver conectado ao roteador. Talvez você precise configurar o roteador para encaminhar o tráfego da WLAN para a LAN.
Especialmente ter SSIDs diferentes em 2,4 e 5 GHz no mesmo roteador parece não fazer sentido para mim, a menos que você tenha a necessidade especial de separá-los.