execute a partir desse diretório:
rm Archive.zip; zip Archive.zip -r . --exclude '.git/*'
rm irá remover o antigo arquivo Archive.zip (você precisa fazer isso, ou o zip irá apenas ATUALIZAR o conteúdo atual do arquivo Archive.zip); zip -r .
adicionará todos os diretórios e pastas de forma recursiva, e --exclude '.git/*'
excluirá determinados diretórios.