Consegui encontrar uma maneira de contornar isso incluindo algumas linhas no meu arquivo .bat
eu usei
netsh wlan connect name=wifiname
Antes do restante do meu script, conecte-se à rede necessária. Então eu usei a mesma linha no final para me conectar de volta à rede original em que eu estava. Isso então é programado às 9h e faz tudo em um único hit.