Stardock WindowBlinds pode fazer isso. Eu pessoalmente possuo uma cópia deste programa, então posso dizer que funciona. Do link:
Per application skinning
Choose skins for each of your application types. For example, WindowBlinds enables your word processing software to use a different skin than your design programs.
Tenha em mente, entretanto, que qualquer aplicativo que não use os widgets padrão do Windows pode, a seu critério, ignorar quaisquer configurações de tema que você tente aplicar. Não precisa nem respeitar as bordas das janelas; um aplicativo pode renderizar o seu próprio, se quiser.
WindowBlinds funcionará para muitos aplicativos que usam widgets nativos do Windows e / ou bordas de janelas, como Qt, SWT, ATL, .NET WinForms e WPF. Existem outros kits de ferramentas para desenhar GUIs, no entanto, onde somente os efeitos de borda da janela serão aplicados; por exemplo, Swing, GTK, wxWidgets, Motif, etc. E, em seguida, certos aplicativos, como Firefox e Chrome, podem opcionalmente ou por design (sem nenhuma opção para alterá-lo), dizem ao Windows para não desenhar nenhuma borda em torno de suas janelas, o que significa que, se usar widgets não padrão, suas personalizações estarão totalmente ausentes.
Não é perfeito, e não há solução universal, mas isso deve cuidar da maioria dos aplicativos.