O que você está pedindo não é possível em nenhum sistema de arquivos que eu conheça, por causa de como eles são implementados, conforme descrito aqui. E eu não entendo porque você estaria preocupado com os metadados, para começar?
Primeiro, os únicos dados na entrada do diretório são o nome do arquivo e o número do inode.
Em segundo lugar, um link físico é criado quando você cria dois ou mais nomes de arquivo com o número de inode same .
O inode armazena todo o resto, coisas como atime e mtime, e outros metadados, incluindo "ponteiros" para os blocos de dados do arquivo.
Se você tem dois arquivos cujo conteúdo é o mesmo, mas os inodes são diferentes, a maioria dos metadados nos inodes será diferente, por exemplo, o atime e o mtime mencionados serão diferentes, assim como all dos ponteiros de bloco de dados.
Para usar um link físico para reduzir o uso de armazenamento, você deve excluir um ou outro dos arquivos duplicados, o que também "fechará" o inode, perdendo todos os metadados. Em seguida, você cria um link para o arquivo existente restante, usando o nome e o local do diretório do arquivo que acabou de excluir.
O "novo" link do arquivo agora terá all a mesma informação do inode que você acabou de vincular. As únicas diferenças serão o local na hierarquia de diretórios e o nome usado, que são armazenados na entrada de diretório, não no inode.
Tudo isso é tratado através das chamadas do sistema usadas para criar arquivos, links e diretórios, e não é diretamente modificável por qualquer usuário ou software, incluindo 'root'. Você pode lê-lo e armazenar os dados em um arquivo separado, mas a associação fácil de uma hierarquia de diretórios será perdida.