Algumas opções.
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Conecte o disco rígido (talvez um segundo disco rígido, através de USB ou eSATA), insira o DVD do Ubuntu e certifique-se de selecionar o que deseja instalar no disco rígido de trabalho
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Em um sistema Ubuntu ao vivo, clone seu disco rígido usando clonezilla ou dd
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Crie uma VM que use o disco rígido real como o disco rígido virtual e instale-o no ambiente virtual usando o DVD do Ubuntu