Meu primeiro porto de escala seria as permissões nos arquivos. Dos sons dele, o usuário do apache tem permissão para visualizar os arquivos, mas você não o faz. Uma solução simples seria tornar o proprietário: grupo dos arquivos como apache e dar ao usuário & permissão de grupo para fazer o que eles desejam (ou quaisquer permissões que você ache necessárias para este aplicativo funcionar).
sudo chown apache:apache -R /path/to/parent/folder
sudo chmod 770 -R /path/to/parent/folder
Neste ponto, você pode adicionar seu próprio usuário ao grupo do apache:
sudo useradd -G apache youruser
A partir daqui, o apache e o usuário terão direitos totais sobre os arquivos. Isso irá satisfazer qualquer exigência do aplicativo de ter o usuário padrão do apache com permissões completas e fornecer a você os mesmos privilégios.