Existem dois programas que podem ajudá-lo: Witch e layout ideal .
Além disso, você pode escolher um atalho de teclado nas preferências do sistema para ativar as janelas do aplicativo: Cmd + Aba para alternar aplicativos, então Ctrl + ↓ (seta para baixo) (para mim) para alternar entre janelas.
E, se você não se importar em usar o Expose, marque a caixa de seleção "Agrupar janelas por aplicativos" no painel de controle da Missão, nas preferências do sistema.