Em geral, um programa ou script deve ser executado com as permissões do processo que o iniciou, portanto, desde que você não tenha o sinalizador setuid definido nos scripts python, ele deverá ser executado como o mesmo usuário que o programa Java.
Isso significa que os scripts python devem ser capazes de excluir os arquivos criados pelo programa Java. É claro que, se o programa Java ainda tiver os arquivos abertos no momento, você terá problemas.