Ambos estão em seus lugares corretos.
A versão 1.6 é a versão criada pela Apple quando eles ainda suportam Java.
A versão 1.7 é a versão enviada pela Oracle.
Você encontrará vários aplicativos que ainda precisam da v1.6, como o Crashplan, então eu deixo os dois.
Aqui está outro thread do StackOverflow que lida com esse tópico , se você quiser mais fundo.