Você precisa manualmente modprobe br_netfilter
para obter este diretório.
O seguinte commit do kernel separou isso:
commit 34666d467cbf1e2e3c7bb15a63eccfb582cdd71f
Author: Pablo Neira Ayuso <[email protected]>
Date: Thu Sep 18 11:29:03 2014 +0200
netfilter: bridge: move br_netfilter out of the core
$ git describe 34666d467cbf1e2e3c7bb15a63eccfb582cdd71f
v3.17-rc4-777-g34666d4
É por isso que 3,19 é diferente de 3,16.