Quando você abre um organograma no Visio 2013, há uma guia chamada ORG CHART
. Clique nele e vá para o layout e selecione o primeiro (centro). Isso fez o truque para mim quando tentei replicar o seu problema. Se não for o primeiro, tente todos. Também não esqueça que você pode selecionar apenas uma parte do seu diagrama visio e alterar o layout.
Além disso, há a página Design de guia → Re-layout. Se o acima não ajudou a tentar as diferentes opções aqui.