Geralmente, isso ocorre porque o sinalizador -arch ppc
está sendo passado para os sinalizadores de compilação. Eu suspeito que parte deste código pode ter vindo dos dias anteriores do PowerPC, quando o OSX rodou no PowerPC ao invés da plataforma x86 / Intel.
A questão começa aqui:
C compiler: /usr/bin/clang -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -arch ppc -arch i386 -arch x86_64 -g -O2
Tente criar com uma variável CFLAGS vazia:
CFLAGS="" f2py-2.7 -c fftfit.pyf *.f
Se isso funcionar, então é possível que seu ambiente de construção esteja herdando alguns sinalizadores de compilador de algum outro lugar ...