Sim, se a "Emulação do BIOS" ou "Módulo de compatibilidade" estiver presente, então ele tem que ser iniciado em modo real porque é o que todos os gerenciadores de boot no formato BIOS esperam (mesmo que muitos deles atualizem imediatamente para o modo protegido). Daí a "compatibilidade" em seu nome.
(Isso, é claro, só se aplica ao inicializar a partir do setor de inicialização do MBR. Todos os carregadores de inicialização de formato .efi sempre usam o tempo de execução UEFI.)