O Adobe Acrobat tem a funcionalidade que você se refere. No Acrobat 10/11, a funcionalidade está na seção "Reconhecer texto" das ferramentas (consulte documentação oficial ). A mesma funcionalidade estava disponível em versões mais antigas, mas foi acessada de forma ligeiramente diferente (consulte o blog da Adobe ) .
Você pode executar o OCR em uma ou todas as páginas individualmente e o PDF parecerá idêntico após aplicar o OCR (mas é pesquisável).