Primeiro, verifique novamente se os arquivos realmente não mudaram. Se eles não tentassem usar a opção --checksum. Sem, o rsync usa o tamanho do arquivo e o tempo de modificação para determinar quais arquivos foram alterados.
Talvez a hora da modificação esteja errada.
Se isso não ajudar, envie um extra -v para obter uma saída mais detalhada e leia-o com muito cuidado.