Não, isso não é possível sem manter o formato original ou modificar sua tabela de resumo manualmente.
O motivo pelo qual a transposição não é suportada na colagem de um recorte é muito provavelmente o mesmo motivo pelo qual você deseja usá-la: seria muito difícil / impossível atualizar as referências automaticamente para uma transposição.
Qualquer referência que não fosse a células individuais teria que ser também transposta, o que exigiria a modificação das fórmulas, não apenas das referências. Mesmo para apenas referências relativas, as fórmulas que antes eram capazes de serem arrastadas preenchidas agora seriam quebradas (arrastar para baixo uma coluna deve mover uma referência para a esquerda de uma coluna, mas não é isso que acontece). Assim, a única situação que seria fácil de atualizar seria se todas as referências à tabela transposta fossem uma referência absoluta, ponto no qual dificilmente valeria a pena apoiar.
Se as fórmulas da tabela de resumo forem muito complicadas, recomendo manter ambos os formatos dinamicamente atualizados com a função de matriz de transposição. Se não, basta atualizá-los para trabalhar com o novo formato.