A chance de uma corrupção não percebida no disco rígido é muito pequena, mas diferente de zero. Claro, só porque copiou OK, não significa que sempre será OK - a mídia decai com o tempo.
Para verificar se seus dados estão corretos, após a cópia, você pode executar algumas comparações entre os dados originais e os dados copiados. Não há dúvidas de muitas maneiras de fazer isso (e eu vivo em um mundo Unix, não no Windows), mas as somas de verificação SHA1 e MD5 podem dizer com um alto grau de confiança se os dados de origem e destino estiverem corretos. (Google "Windows vista checksum" e você deve criar um número de programas que podem fazer isso - é claro, você precisa executá-lo tanto na origem quanto no destino e compará-los).
Eu indico que, se os dados são realmente valiosos para você, armazenar cópias em locais externos (e se não é sensível ou muito grande, além de armazenamento em nuvem em outro país se você estiver preocupado com problemas como EMP etc.) )
É em grande parte um não-problema, mas eu não acredito que gaiolas de Faraday possam proteger proteção significativa contra radiação cósmica - Bits lançados devido à radiação Cósmica não é exatamente comum, mas certamente não é algo inédito - é uma das razões pelas quais servidores use memória ECC.