Parece que sua chamada para pm2 não tem permissões suficientes. Tente executá-lo com o sudo se você ainda não viu se funciona.
O erro em si parece vir de pm2, porque seu script não tem uma linha 29.
Normalmente, na inicialização, o init.d é executado com um usuário diferente, com um conjunto bastante diferente de permissões.