O pacote imagemagick inclui um comando convert .
Comandos de exemplo:
convert image1.jpg -fuzz 20%% -transparent White image2.png
convert image1.png -threshold 10%% image2.png
Ambas são versões simples de remoção de plano de fundo e podem tornar transparentes todas as outras sem branco em segundo plano na imagem (as opções fuzzy / threshold podem ajustar isso).
Mas Imagemagick tem exemplos sobre a remoção de fundos usando máscaras.
O que funciona melhor depende do original. O JPG tende a ser difuso (o que parece ser a mesma cor geralmente são cores levemente diferentes) para que eles tenham resultados mistos.