Existem alguns perigos, pois, por padrão, todos os discos estarão visíveis para o sistema operacional, portanto, é possível atualizar o disco errado.
No entanto, desde que seu BIOS suporte a inicialização da unidade USB, há uma boa chance de que ele funcione. Muitos anos atrás, ao precisar executar vários sistemas operacionais a partir de um PC, eu usava um gerenciador de inicialização que era capaz de marcar a unidade de inicialização não utilizada como uma partição oculta para que ela não pudesse ser acidentalmente alterada. Em geral, o Windows não é muito bom em lidar com cenários de inicialização múltipla, o Linux não tem nenhum problema.
Eu não recomendaria a experimentação a menos que você tenha um bom backup de todos os dados - algo que você deve ter de qualquer maneira, já que as unidades falham regularmente.