Normalmente, isso ocorre devido a uma das duas condições: você tem outra instância do libvirtd em execução ou a instância anterior morreu inesperadamente, deixando o antigo arquivo /var/run/libvirtd.pid.
Você pode distinguir facilmente entre os dois:
ps ax | grep libvirtd
retornará um processo no primeiro caso, ou apenas grep no segundo. Você resolve o problema matando a instância em execução de libvirtd (se tiver uma), e então removendo manualmente o arquivo /var/run/libvirtd.pid .