Você pode iniciar outro CMD e aguardar:
dir
start /wait cmd
dir
O shell é aberto em sua própria janela. Quando terminar, você terá que sair dele para continuar a execução em lote.
UPDATE
Se você não quiser esperar:
dir
dir
cmd
UPDATE 2
ativar arquivo em lote estava fazendo o chamador para terminar sua execução também. A solução foi:
cd C:\Users\piotr_000\Documents\FirefoxAddOnSDK\addon-sdk-1.16\bin
call activate
cd C:\Users\piotr_000\Documents\Firefox_AddOns\first_addon
cmd