Sentimos falta de uma configuração, por isso era mais simples que parecesse a princípio.
Tivemos que configurar a bandeja de papel para "papel timbrado" (ela foi definida como "simples") e também escolher papel timbrado ao imprimir (eu uso com o GSView e o Acrobat, no Windows 7).
Desta forma, imprime ok de 1 e 2 lados, usando uma única bandeja de papel, dependendo apenas das configurações da aplicação. Anteriormente, precisávamos usar duas bandejas.
Muito obrigado a @Debra e @hdhondt pela entrada