Se você está feliz em usar o FFmpeg, e sim esta linha de comando não é gui, uma linha de comando sugerida para produzir um arquivo wmv que deve ser executado em vários dispositivos e plataformas é:
ffmpeg -i input.ogv \
-c:v wmv2 -q:v 4 \
-c:a wmav2 -b:a 128k \
output.wmv
Você pode experimentar um pouco com as configurações de qualidade do vídeo wmv2, diminuindo para 2 para obter melhor qualidade e aumentando acima disso, a qualidade será progressivamente menor. Com as configurações de taxa de bits para o som wmav2 aumentando a taxa de bits pode obter melhor qualidade de som. Tudo isso depende muito da qualidade dos fluxos de áudio e vídeo de entrada.
Para executar este comando em múltiplos streams você precisaria construir um loop para e isto seria bastante fácil para demonstrar se você está satisfeito com a sintaxe de codificação sugerida.