Isso é incomum, eu não ouvi falar do Ubuntu não usar uma CPU para o seu potencial total. Problemas intermitentes podem ser causados por ram defeituoso, talvez uma rodada completa de testes de memtest possa ajudar a descartar um problema de hardware (cpu / ram). E, claro, tente verificar o (s) disco (s) rígido (s) em busca de erros.
Eu sei que computadores diferentes podem ser exigentes quando se trata de dispositivos USB inicializáveis, talvez o BIOS não possa ou não queira usar o seu Windows USB. E os cabos / plugues / dispositivos usb também podem ter bugs. Eu tentaria um bom windows dvd e verificaria se isso é inicializado.
Sobre o Ubuntu vs windows, eu ouvi falar dele não usando gráficos tão completamente como o windows então talvez haja um problema gráfico que o Windows faz acontecer? Mas eu pensei que o modo seguro deveria fazer as coisas "com segurança" ... talvez não seja tão seguro.
Se o seu computador ainda é novo e ainda está na garantia, e você ainda suspeita de um problema de hardware, eu consideraria retorná-lo à loja. Se você comprou em uma loja que tem uma boa política de devolução (como o walmart ou a loja de futuros), você pode ser capaz de devolvê-lo para um reembolso total dentro de 30 dias ou o que a loja usar. Ou, se não for um reembolso, pelo menos, o reparo ou troca da garantia.
Ou para a solução de problemas DIY sempre há "tirar uma parte, ver se funciona agora, tirar outra parte ..." e tentar encontrar o que é ruim. Tente apenas 1 ram stick, placa de vídeo diferente, etc ... Trocar a CPU pode envolver a remoção dos dissipadores de calor, limpeza, reaplicando pasta térmica, eu salvaria isso para o final (a menos que você tenha um chute de fora;)
Pensamento adicional:
"Ambas as vezes isso aconteceu, foi a primeira vez depois que voltei de uma LAN"
Você quer dizer uma festa na LAN, onde você se reúne com um monte de gente e joga janelas de jogos & instalar novos programas & coisa? Talvez você tenha pego algum tipo de vírus ou malware que atrapalhou suas janelas? Se o RAM parece bom, e o HD parece bom, talvez tente uma varredura de vírus com algo como ClamAV no Ubuntu, ou há alguns antivírus "rescue cd" para tentar, eu acho que eles são como um Linux ao vivo CD. Exemplos incluem link ou link (eu não sei qual é o melhor, eu só sei que eles existem e links encontrados para 2)
Ou talvez algumas configurações / arquivos importantes do Windows foi alterado (meu acidente ou outro) enquanto estava na festa de alguma forma, mas a menos que seja uma configuração do BIOS, você ainda deve ser capaz de inicializar o mesmo disco de instalação do windows / usb que funcionou antes. Se você desconectar o disco rígido e verificar se as configurações do BIOS ainda permitem a inicialização via USB, eu tentaria o Windows USB novamente e, se ainda assim, eu tentaria um bom DVD do Windows para ter certeza de que não é um problema de software ou USB . (E remover / desconectar o HD é parte da solução de problemas de hardware)