Eu tive um problema semelhante e encontrei uma resposta que funcionou para mim no unix stackexchange.
No meu caso, o xmgrace estava monopolizando a função de realce de alguma forma. Fechar o xmgrace livrou-se do problema.
Espero que isso ajude!
Isso tem me deixado completamente louco. Por alguma razão, quando seleciono texto (para o meio clique para colar em outro lugar), muitas vezes o destaque desaparece imediatamente quando o LMB é liberado. Isso também acontece se eu clicar duas vezes em uma palavra para destacá-la.
Às vezes, mesmo que o realce desapareça, um clique do meio irá colar a seleção correta, mas outras vezes não.
Se eu clicar rapidamente no meu mouse em 2s ou 3s, depois de 5 segundos, a seleção será mantida e tudo ficará bem, até que eu tenha que selecionar outra coisa. Como você pode imaginar, minha produtividade é seriamente afetada.
Eu também notei que se eu voltar depois de um tempo (ou seja, deixar minha estação ociosa durante a noite), a seleção funcionará bem, mas depois de algumas horas ela vai começar a agir novamente.
Também devo observar que estou trabalhando em um laptop Windows e estou executando o Linux via VNC. Eu tenho um servidor VNC em execução em uma caixa Linux remoto e acabei de interagir via visualizador VNC no Windows (RealVNC).
Parece que o buffer de seleção (ou o que quer que seja) está recebendo sinais confusos de outros aplicativos. Eu não sou realmente um guru do Linux, obviamente.
Por 7 anos antes disso, eu estava trabalhando em diferentes contas e a seleção de texto funcionou perfeitamente. Eu realmente não tenho idéia se isso é um problema com o Linux ou se eu tenho algum tipo de configuração estranha errada.
Eu tive um problema semelhante e encontrei uma resposta que funcionou para mim no unix stackexchange.
No meu caso, o xmgrace estava monopolizando a função de realce de alguma forma. Fechar o xmgrace livrou-se do problema.
Espero que isso ajude!
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