Somente o Código mestre de inicialização é reparado.
Ferramentas como o antigo dos fdisk
com seu parâmetro não documentado chamado /mbr
ou windows mbrfix
recovery são capazes de gravar o registro de inicialização do disco rígido sem alterar suas informações da tabela de partições.
Então, em suma, essas ferramentas só escrevem para o primeiro setor físico do disco, ou seja, como você já imaginou, seus 512 primeiros bytes.
Mais para ler aqui: wikipedia / Master_boor_record .