Você pode colar uma saída do Índice de Experiência do Sistema do Windows?
Eu apostaria que os discos rígidos são o seu gargalo. Geralmente, seu hardware é strong, mas você deve comprar e SSD para sua unidade de sistema e instalar o SO nele, já que 5400 são discos mais lentos. SSD de 12 GB que você usará para instalação do sistema, levará cerca de 100 euros, o que não é tão ruim assim.
Em casa, tenha um computador de mesa que eu uso como NAS, conectado à rede lan de 1 Gbit. Quando eu copio o arquivo para o disco 5400 que eu tenho, o sistema inteiro fica lento, até o movimento do mouse se torna jugged.
Para testar se os discos são realmente um problema, inicie a operação de cópia de um disco para outro. Encontre um arquivo grande (alguns que levarão cerca de 10 a 15 minutos para serem copiados). Ou melhor ainda, vá com a operação MOVE e veja se isso atrasa seu sistema. Eu aposto que vai.
Deixe-me saber o que você pensa.