Você pode mantê-los onde quiser, desde que altere $ PYTHPATH de acordo. Eu não os colocaria em / usr / lib / porque ele é reservado para arquivos que pertencem a pacotes .deb e podem ser facilmente desinstalados pelo dpkg / apt-get. Se você quiser manter seu sistema limpo, claro.
Você está certo sobre os módulos de arquivo único.
Se eu fosse você, eu os colocaria em / opt / my-python-packages ou ~ / my-python-packages - para distinguir entre pacotes de terceiros instalados por easy_install e os meus próprios.