Não, as placas-mãe são geralmente projetadas para esse tipo de coisa. Assim como as GPUs, na verdade, se você tivesse uma GPU com requisitos extremos de resfriamento, seu tamanho físico provavelmente impediria que você colocasse outra GPU nas proximidades.
Um dos sistemas que eu uso para o trabalho tem 4 GPUs nele ... o que você faz precisa se preocupar, no entanto, é o espaçamento entre os slots PCIe e o perfil do cartão. Muitas das GPUs mais sofisticadas usam dois (às vezes 2,5 - 3) slots para sua solução de refrigeração. Isso significa que você pode precisar de um chassi de fator de forma maior para 2 dessas GPUs.
Você também precisa se preocupar com o número de pistas PCIe expostas por cada um dos slots. Referindo-se à configuração de 4 GPUs, apenas uma das placas é executada a x16; os outros três são x8. Em uma configuração 2x, a placa-mãe é capaz de hospedar 2 GPUs x16, desde que você as coloque nos slots adequados.
A placa-mãe usada é uma ASUS RAMPAGE IV EXTREME :
Observe o espaçamento entre os slots PCIe vermelhos? Esta placa-mãe foi projetada especificamente para configurações de GPU de 4 vias, e mesmo assim, para utilizar 4 GPUs, você precisa sacrificar o slot PCIe de uso geral preto intercalado. Isto significa que não há raid dedicado, rede ou placas de áudio ...
Concedido, você está discutindo uma situação com apenas duas GPUs, mas essas são todas as coisas que você deve considerar ao instalar várias GPUs. A configuração de 4 GPU apenas os torna claramente óbvios.