Eu também estava enfrentando o mesmo problema, ao tentar instalar o Ubuntu 12.04 Desktop automaticamente. Parece que a GUI não está tomando as configurações definidas pelo kickstart.
Mas eu consegui instalar o Ubuntu 12.04 Server por esse método. Após a instalação, eu instalei pacotes ubuntu-desktop para que eu possa fazer uso da GUI.
Um método alternativo é baixar e instalar o Ubuntu-12.04-alternate.iso. A instalação está no modo de texto, por isso aceita o arquivo de configuração do kickstart.
Atenciosamente,