Você pode tentar usar um mount --bind command
. Algo como
mount --bind /path/to/folder /home/username/folder_to_sync
Isso deve tornar o conteúdo de /path/to/folder
disponível em ambos os lugares.
O Ubuntu-one não suporta links simbólicos, mas pode suportar montagens de ligação. Se funcionar, você pode adicionar uma linha a /etc/fstab
/path/to/folder /home/username/folder_to_sync none bind 0 0
Dessa forma, ele sempre será montado na inicialização.