Adicione o seguinte ao final do seu script:
PID=$!
echo $PID > /tmp/wakeupalarm.pid
Então o seu script de assassinato será
#!/bin/bash
PidFile=/tmp/wakeupalarm.pid
[ -f $PidFile ] && kill $(< $PidFile) && echo > $PidFile
Você também deve executar o script de eliminação no início do script de alarme, para garantir uma única instância do processo.