Existe uma série de soluções no Linux como esta , mas parece não haver consenso para o Windows . Veja por exemplo aqui ou aqui (role até o final)
Eu não consigo limpar a tela do cliente de linha de comando mysql como eu sei no caso do java é 'cls'.
Você está usando um cliente Unix? Tente Ctrl + L . Pode até funcionar no Windows também ...
No Unix ou Linux você pode usar o:
system clear
Você também pode tentar usar Ctrl + L no linux
No entanto, se você estiver usando o Windows, acho que não é possível. Você pode se referir a este bug que é reportado para o mesmo para windows.
O melhor que acho que consigo pensar é que você pode apenas sair do MySql, digitar CLS
e, em seguida, entrar novamente no MySql.
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